La secuencia completa de la soja podría revelar rasgos ocultos
18 de enero de 2010 WEST LAFAYETTE, Indiana, EE. UU. - La soja se ha convertido en la primera especie de leguminosa de cultivo importante con un borrador de secuencia genómico completo publicado, informa Servicio de noticias medioambientales. En el estudio apoyado por la Departamento de Energía, Departamento de Agricultura de EE. UU. y United Soybean Board y escrito por Jeremy Schmutz de la Instituto Conjunto del Genoma y el Centro de secuenciación del genoma HudsonAlpha, el Servicio de Investigación Agrícola del USDA (USDA-ARS), Universidad de Purdue y el Universidad de Carolina del Norte en Charlotte y otros 43 investigadores de 18 instituciones, los científicos comenzaron con la producción de un mapa físico del genoma de la soja por un equipo de investigación financiado por el Fundación Nacional de Ciencia. La secuencia del genoma resultante reveló el genoma más complejo secuenciado hasta la fecha.
El genoma de la soja incluye copias duplicadas de genes que componen 70% a 80% de sus 46.000 genes. Estas copias de genes se encuentran dispersas por todo el genoma y, por lo tanto, son particularmente difíciles de localizar. "Si estoy seleccionando un gen, es posible que tenga dificultades para localizar todos los duplicados necesarios de ese gen", dijo el profesor de agronomía Scott Jackson de Purdue, autor correspondiente del artículo sobre el genoma de la soja. "Tiene muchas copias de seguridad". Muchos de los genes duplicados en el genoma de la soja se han barajado, agregó Jackson, lo que dificulta predecir dónde podrían estar las copias duplicadas de un gen. Además, el genoma de la soja contiene una gran cantidad de elementos transponibles, llamados TE. Se trata de piezas de ADN móviles que pueden afectar la expresión génica, pero los ET son difíciles de distinguir de los genes.
El Joint Genome Institute, que previamente secuenció el genoma del sorgo en grano, dijo que la secuenciación de la soja fue el proyecto de planta más grande que ha realizado hasta ahora. Se espera que ayude a los científicos a mejorar las características de la soja, la secuencia ha proporcionado acceso al primer gen de resistencia para la roya de la soja asiática.
Uno de los siguientes pasos en la investigación es volver a secuenciar las 20.000 líneas de soja en la colección de germoplasma de EE. UU. Para encontrar genes que no sean comunes a todos los cultivares de soja. “Cuando se domesticaron las semillas de soja, se seleccionaron por el tamaño de la semilla y otras características, pero quedaron muchos genes potencialmente valiosos”, dijo Jackson. "Puede haber genes valiosos asociados con el contenido de proteínas o la resistencia a enfermedades en las líneas almacenadas que no se encuentran actualmente en las líneas cultivadas".
"Realmente va a cambiar la forma en que hacemos preguntas sobre la soja en la investigación", dijo Randy Shoemaker, un genetista investigador del USDA-ARS en la Universidad Estatal de Iowa y coautor del artículo. “Lo que solía llevarnos literalmente años, ahora puede llevarnos semanas o meses. Este es el código genético completo al frente.
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